Pendirian Universitas Kaltara merupakan buah dari hasil kerja keras Pemerintah Kabupaten Bulungan beserta tokoh-tokoh pendidikan yang ada di Kabupaten Bulungan pada tahun 2008. Dengan tujuan memberikan akses pendidikan tinggi kepada anak-anak yang memiliki latar belakang keluarga dengan ekonomi lemah. Keberadaan perguruan tinggi (Universitas Kaltara) di Kabupaten Bulungan pada saat itu dirasa sangat penting, mengingat kemampuan masyarakat khususnya yang berada di daerah pedalaman untuk mengakses pendidikan tinggi yang bermutu sangat sulit dan terbatas, sehingga yang mampu mengakses pendidikan tinggi adalah masyarakat kota yang memiliki tingkat ekonomi menengah-atas. Universitas Kaltara yang ditetapkan dengan keputusan mentri 227/D/O/2008 tanggal 18 Desember 2008 tentang alih kelola, perubahan nama, dan pindah lokasi Universitas Tri Karya di Medan yang diselenggarakan oleh Yayasan Politeknik Indonesia di Medan, menjadi Universitas Kaltara di Tanjung Selor yang diselenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Tanah Seribu di Tanjung Selor, Kabupaten Bulungan Provinsi Kalimantan Timur. 

Dalam menjalankan fungsi pendidikan tinggi, Universitas Kaltara (Unikaltar) memiliki struktur organisasi yang dibentuk berdasarkan pada Peraturan Yayasan Pendidikan Tanah Seribu Nomor 2 Tahun 2017 Tentang Organisasi dan Tata Kelola Universitas Kaltara.

Struktur Organisasi Universitas Kaltara

Rektor : Prof. Dr. Ir. Abdul Jabarsyah, M.Sc.

Wakil Rektor I Bidang Akademik : Zainal Abidin, S.T., M.Pd.

Wakil Rektor II Bidang Umum, Perencanaan, Keuangan, dan Kepegawaian : Adymas Putro Utomo, S.P., M.T.

Wakil Rektor III Bidang Kerjasama, Kemahasiswaan, dan Alumni : Zaenal Abidin MD., S.T., M.Si.

Kepala Biro Akademik : Abdul Majid, S.E.

Kepala Biro Umum, Perencanaan, Keuangan, dan Kepegawaian : Hamidan, S.E.

Kepala Biro Kerjasama, Kemahasiswaan, dan Alumni : Sabarudin, S.P., M.M.

Kepala Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu : Enny Harviyanti, M.T.

Sekretaris Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penajaminan Mutu : Rina Lesmana, S.P., M.M.

Kepala Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat : Eko Wahyudi, M.T.

Sekretaris Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat : Masruri, M.I.P.

Dekan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik : Irsyad Sudirman, M.A.

Ketua Jurusan Administrasi Negara : Syaini, S.Sos., M.I.P.

Dekan Fakultas Ekonomi : Adi Aspian Nur, M.Si.

Ketua Jurusan Manajemen : Dedik Wiryawan, S.T., M.M.

Ketua Jurusan Ekonomi Pembangunan : Suud Ema Fauziah, S.E., S.H., M.HP., M.M.

Dekan Fakultas Pertanian : Dr. Didi Adriansyah, S.T.P., M.M.

Ketua Jurusan Agroteknologi : Fitrah Pangerang, M.Si.

Dekan Fakultas Teknik : Sholehah, M.T.

Ketua Jurusan Teknik Sipil : Rachel Zandra Singal, M.T.

Ketua Jurusan Arsitektur : Risnafaty, M.T.

Dekan Fakultas MIPA : Ratna Dwi Christyanti, M.Si.

Ketua Jurusan Matematika: St. Syahdan, M.Pd.

Ketua Jurusan Fisika : Siti Maria Ulva, M.Pd.

Plt. Kepala Perpustakaan & Kearsipan : Abdul Arif, M.S.I.