Pendirian Universitas Kaltara merupakan buah dari hasil kerja keras Pemerintah Kabupaten Bulungan beserta tokoh-tokoh pendidikan yang ada di Kabupaten Bulungan pada tahun 2008. Dengan tujuan memberikan akses pendidikan tinggi kepada anak-anak yang memiliki latar belakang keluarga dengan ekonomi lemah. Keberadaan perguruan tinggi (Universitas Kaltara) di Kabupaten Bulungan pada saat itu dirasa sangat penting, mengingat kemampuan masyarakat khususnya yang berada di daerah pedalaman untuk mengakses pendidikan tinggi yang bermutu sangat sulit dan terbatas, sehingga yang mampu mengakses pendidikan tinggi adalah masyarakat kota yang memiliki tingkat ekonomi menengah-atas. Universitas Kaltara yang ditetapkan dengan keputusan mentri 227/D/O/2008 tanggal 18 Desember 2008 tentang alih kelola, perubahan nama, dan pindah lokasi Universitas Tri Karya di Medan yang diselenggarakan oleh Yayasan Politeknik Indonesia di Medan, menjadi Universitas Kaltara di Tanjung Selor yang diselenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Tanah Seribu di Tanjung Selor, Kabupaten Bulungan Provinsi Kalimantan Timur. 

Dalam menjalankan fungsi pendidikan tinggi, Universitas Kaltara (Unikaltar) memiliki struktur organisasi yang dibentuk berdasarkan pada Peraturan Yayasan Pendidikan Tanah Seribu Nomor 2 Tahun 2017 Tentang Organisasi dan Tata Kelola Universitas Kaltara.

Struktur Organisasi Universitas Kaltara

Rektor : Dr. Didi Adriansyah, S.T.P., M.M.

Wakil Rektor I Bidang Akademik : Ar. Sholehah, M.T., I.A.I.

Wakil Rektor II Bidang Umum, Perencanaan, Keuangan, dan Kepegawaian : Adymas Putro Utomo, S.P., M.T.

Plt. Wakil Rektor III Bidang Kerjasama, Kemahasiswaan, dan Alumni : Adymas Putro Utomo, S.P., M.T.

Kepala Biro Akademik : Abdul Majid, S.E.

Kepala Biro Umum, Perencanaan, Keuangan, dan Kepegawaian : Hamidan, S.E.

Kepala Biro Kerjasama, Kemahasiswaan, dan Alumni : Sabarudin, S.P., M.M.

Kepala Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu : Dr. Marlan Usmani Putra, S.P., M.P.

Sekretaris Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penajaminan Mutu : Dr. Siti Aisyah, M.Si.

Kepala Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat : Eko Wahyudi, M.T.

Sekretaris Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat : Fitrah Pangerang, M.Si.

Dekan Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik : Wempi Feber, S.Sos., M.Si.

Ketua Jurusan Administrasi Negara : Iskandar, M.A.

Dekan Fakultas Ekonomi : Dewi Qomariah Imelda, S.E., M.M.

Ketua Jurusan Manajemen : Dedik Wiryawan, S.T., M.M.

Ketua Jurusan Ekonomi Pembangunan : Nurus Soimah, S.Pd., M.Ec.Dev.

Dekan Fakultas Pertanian : Rina Lesmana, S.P., M.M.

Ketua Jurusan Agroteknologi : Siti Masithah Fiqtinovri, M.Sc.

Dekan Fakultas Teknik : Enny Harviyanti, M.T.

Ketua Jurusan Teknik Sipil : Rachel Zandra Singal, M.T.

Ketua Jurusan Arsitektur : Ar. Bangun Sujito, M.Ars., I.A.I.

Dekan Fakultas MIPA : Ratna Dwi Christyanti, M.Si.

Ketua Jurusan Matematika: St. Syahdan, M.Pd.

Ketua Jurusan Fisika : Siti Maria Ulva, M.Pd.

Plt. Kepala Perpustakaan & Kearsipan : Abdul Arif, M.S.I.