Makna dari lambang tersebut sebagai berikut :

1. Bintang bersudut lima berwarna kuning keemasan terletak di atas warna putih yang memancarkan warna kuning keemasan membentuk perisai segi lima melambangkan keagungan Tuhan Yang Maha Esa.
2. Bunga dengan lima kelopak menunjukkan Pancasila sebagai falsafah Negara Repubik Indonesia.
3. Lingkaran dengan dasar warna kuning, bermakna bahwa segala sivitas akademika Universitas Kaltara, merupakan satu kesatuan dan memiliki cita-cita mulia.
4. Dua ekor burung enggang yang saling berhadapan mencerminkan sifat luhur dan jiwa kepemimpinan.
5. Buku dan Pena melambangkan cita-cita pendidikan nasional.
6. Warna biru melambangkan kesetiaan dan kejujuran terhadap bangsa dan negarasecara idealisme yang tinggi.
7. Gambar gelombang bermakna bahwa kota Tanjung Selor sebagai daerah tempat berdirinya Universitas Kaltara Tanjung Selor dikelilingi oleh sungai-sungai.

Warna pada lambang tersebut memiliki kode :

• Biru tua (RGB 13-72-222)
• Kuning Emas (RGB 223-225-16)
• Hitam (RGB 0-0-0)
• Putih (RGB 255-255-255)